• Ústav anatomie 3. LF UK
• Ústav biochemie, buněčné a molekulární biologie 3. LF UK
• Ústav epidemiologie a biostatistiky 3. LF UK
• Ústav etiky a humanitních studií 3. LF UK
• Ústav farmakologie 3. LF UK
• Ústav fyziologie 3. LF UK
• Ústav histologie a embryologie 3. LF UK
• Ústav hygieny 3. LF UK
• Ústav imunologie a klinické biochemie 3. LF UK
• Ústav jazyků a lékařské terminologie 3. LF UK
• Ústav lékařské biofyziky a lékařské informatiky 3. LF UK
• Ústav lékařské genetiky 3. LF UK
• Ústav ošetřovatelství 3. LF UK
• Ústav patofyziologie 3. LF UK

Společné s Fakultní nemocnicí Královské Vinohrady

• Ústav patologie 3. LF UK a FNKV
• Ústav soudního lékařství 3. LF UK a FNKV

Společné s Fakultní nemocnicí Královské Vinohrady a Státním zdravotním ústavem

• Ústav mikrobiologie 3. LF UK, FNKV a SZÚ

Společné s Fakultní Thomayerovou nemocnicí

• Ústav patologie a molekulární medicíny 3. LF UK a FTN

• Kabinet veřejného zdravotnictví 3. LF UK
• Kabinet praktického lékařství 3. LF UK

Společné s Fakultní nemocnicí Královské Vinohrady

• Dermatovenerologická klinika 3. LF UK a FNKV
• Gynekologicko–porodnická klinika 3. LF UK a FNKV
• Hematologická klinika 3. LF UK a FNKV
• Chirurgická klinika 3. LF UK a FNKV
• Interní klinika 3. LF UK a FNKV
• Kardiochirurgická klinika 3. LF UK a FNKV
• Kardiologická klinika 3. LF UK a FNKV
• Klinika anesteziologie a resuscitace 3. LF UK a FNKV
• Klinika dětí a dorostu 3. LF UK a FNKV
• Klinika otorinolaryngologická 3. LF UK a FNKV
• Klinika plastické chirurgie 3. LF UK a FNKV
• Klinika popáleninové medicíny 3. LF UK a FNKV
• Klinika pracovního a cestovního lékařství 3. LF UK a FNKV
• Klinika radiologie a nukleární medicíny 3. LF UK a FNKV
• Klinika rehabilitačního lékařství 3. LF UK a FNKV
• Neurochirurgická klinika 3. LF UK a FNKV
• Neurologická klinika 3. LF UK a FNKV
• Oftalmologická klinika 3. LF UK a FNKV
• Onkologická klinika 3. LF UK a FNKV
• Ortopedicko-traumatologická klinika 3. LF UK a FNKV
• Stomatologická klinika 3. LF UK a FNKV
• Urologická klinika 3. LF UK a FNKV

Společné s Fakultní Thomayerovou nemocnicí

• Klinika dětské chirurgie a traumatologie 3. LF UK a FTN
• Klinika hrudní chirurgie 3. LF UK a FTN
• Klinika revmatologie a rehabilitace 3. LF UK a FTN
• Interní klinika 3. LF UK a FTN
• Neurologická klinika 3. LF UK a FTN
• Urologická klinika 3. LF UK a FTN

Společné s Fakultní nemocnicí Bulovka

• Klinika infekčních nemocí 3. LF UK a FNB
• Klinika pneumologie 3. LF UK a FNB
• Interní klinika 3. LF UK a FNB
• Klinika anesteziologie, intenzivní a urgentní medicíny 3. LF UK a FNB

Společné s Národním ústavem duševního zdraví

• Klinika psychiatrie a lékařské psychologie 3. LF UK a NÚDZ

Společné s Ústřední vojenskou nemocnicí – Vojenskou fakultní nemocnicí Praha

• Gynekologická klinika 3. LF UK a ÚVN
• Klinika otorinolaryngologie a maxilofaciální chirurgie 3. LF UK a ÚVN

Společné s Ústavem pro péči o matku a dítě

• Gynekologicko-porodnická klinika 3. LF UK a ÚPMD
• Neonatologická klinika 3. LF UK a ÚPMD