Společné s Fakultní nemocnicí Královské Vinohrady

• Dermatovenerologická klinika 3. LF UK a FNKV
• Gynekologicko–porodnická klinika 3. LF UK a FNKV
• Hematologická klinika 3. LF UK a FNKV
• Chirurgická klinika 3. LF UK a FNKV
• Interní klinika 3. LF UK a FNKV
• Kardiochirurgická klinika 3. LF UK a FNKV
• Kardiologická klinika 3. LF UK a FNKV
• Klinika anesteziologie a resuscitace 3. LF UK a FNKV
• Klinika dětí a dorostu 3. LF UK a FNKV
• Klinika otorinolaryngologická 3. LF UK a FNKV
• Klinika plastické chirurgie 3. LF UK a FNKV
• Klinika popáleninové medicíny 3. LF UK a FNKV
• Klinika pracovního a cestovního lékařství 3. LF UK a FNKV
• Klinika radiologie a nukleární medicíny 3. LF UK a FNKV
• Klinika rehabilitačního lékařství 3. LF UK a FNKV
• Neurochirurgická klinika 3. LF UK a FNKV
• Neurologická klinika 3. LF UK a FNKV
• Oftalmologická klinika 3. LF UK a FNKV
• Onkologická klinika 3. LF UK a FNKV
• Ortopedicko-traumatologická klinika 3. LF UK a FNKV
• Stomatologická klinika 3. LF UK a FNKV
• Urologická klinika 3. LF UK a FNKV

Společné s Fakultní Thomayerovou nemocnicí

• Klinika dětské chirurgie a traumatologie 3. LF UK a FTN
• Klinika hrudní chirurgie 3. LF UK a FTN
• Klinika revmatologie a rehabilitace 3. LF UK a FTN
• Interní klinika 3. LF UK a FTN
• Neurologická klinika 3. LF UK a FTN
• Urologická klinika 3. LF UK a FTN

Společné s Fakultní nemocnicí Bulovka

• Klinika infekčních nemocí 3. LF UK a FNB
• Klinika pneumologie 3. LF UK a FNB
• Interní klinika 3. LF UK a FNB
• Klinika anesteziologie, intenzivní a urgentní medicíny 3. LF UK a FNB

Společné s Národním ústavem duševního zdraví

• Klinika psychiatrie a lékařské psychologie 3. LF UK a NÚDZ

Společné s Ústřední vojenskou nemocnicí – Vojenskou fakultní nemocnicí Praha

• Gynekologická klinika 3. LF UK a ÚVN
• Klinika otorinolaryngologie a maxilofaciální chirurgie 3. LF UK a ÚVN

Společné s Ústavem pro péči o matku a dítě

• Gynekologicko-porodnická klinika 3. LF UK a ÚPMD
• Neonatologická klinika 3. LF UK a ÚPMD