Již v rámci magisterského studia se studenti 3.LF mohou zapojit do výzkumu. Na většině pracovišť 3.LF probíhá preklinický nebo klinický výzkum a pokud se studenti dohodnou s odpovědnou osobou, mohou si takto účast na výzkumu často zajistit individuálně. Snažší však je využít možnosti Studentské vědecké aktivity (SVA). Pro studenty určených ročníků (nejčastěji 3. a 4., kde si SVA lze vybrat namísto Povinně volitelných kurzů - PVK) každoročně vypisují školitelé témata vědeckých prací (k dispozici na studijním oddělení). Pokud se student v určeném termínu na téma přihlásí a školitel s jeho vedením souhlasí, lze za SVA získat kredity.
Práce je možné prezentovat na Studentské vědecké konferenci (SVK), což je nejvýznamnější událost ve studentském výzkumu na 3. LF. SVK se koná každý rok v květnu. Konference je otevřená všem zájemcům (pro umožnění účasti všech studentů bývá v den konání SVK zrušena výuka) a jsou na ní prezentovány práce studentů v klinické i preklinické oblasti. První tři přednášející v obou sekcích bývají oceněni. Na SVK mohou přednášet všichni všichni studenti, kteří se věnují výzkumu. Pro studenty SVA je účast podmínkou udělení zápočtu. Vítězové fakultní SVK postupují do česko-slovenského kola a do soutěže o prestižní ocenění Cena za lékařství (Prix de Medecine).
Studenti se mohou rovněž účastnit mezinárodních konferencí a dalších soutěží a konferencí pro pregraduální studenty (aktuální informace o těchto možnostech přináší fakultní týdeník Vita Nostra Servis).
