Ve Fakultní Thomayerově nemocnici je sídlo Kliniky dětské chirurgie a traumatologie 3. LF UK a FTN. Spolupráci nemocnice s fakultou lze shrnout v následujících bodech:

• na KDCHT docházejí studenti magisterského studia lékařství 4., 5. a 6. ročníku obou verzí curricula, české i anglické. Absolvují zde kolem 130 hodin praktických cvičení za semestr. Přednášky oboru dětská chirurgie a traumatologie se konají v prostorách FNKV (Polákova posluchárna a seminární místnost Ortopedicko-traumatologické kliniky). Praktická cvičení ve studijním programu OTA (4. ročník) pak v seminární místnosti Kliniky ba pavilonu B5 v Thomayerově nemocnici, předstátnicové klinické stáže probíhají rovněž na pracovišti v Thomayerově nemocnici (pavilon B4 a B5)

• KDCHT spolupracuje s mnohými klinikami fakulty při řešení složitých případů. Velmi široká je spolupráce s Ortopedicko-traumatologickou klinikou, Klinikou plastické chirurgie i Klinikou popálenin. Mnohé závažné případy se pak stávají předmětem společných sdělení na domácích i zahraničních kongresech.