Klinika infekčních nemocí 3. LF UK sídlí v pavilonu infekčních nemocí ve Fakultní nemocnici Bulovka, Praha 8. Ve stejné budově jsou soustředěny rovněž infekční kliniky 1. LF UK a 2. LF UK, přičemž celý pavilon má společný zdravotnický provoz a z tohoto hlediska funguje jako jeden celek.
V pavilonu infekčních nemocí je poskytována komplexní péče o nemocné s infekčními chorobami, pracoviště jako celek je největší v České republice a má postavení vedoucího pracoviště oboru. V pavilonu působí akutní ambulance, chronická ambulance, speciální ambulance (pro HIV-pozitivní klienty), 6 standardních lůžkových oddělení (z toho dvě pro dětské pacienty) a dvě stanice poskytující intenzivní péči. Kromě toho je zde uzavřená jednotka pro izolaci pacientů s vysoce nebezpečnými importovanými infekcemi typu horečky Ebola.
Hlavní zájmové oblasti kmenových pracovníků Kliniky infekčních nemocí 3. LF UK:
prof. Beneš infekční endokarditida, stafylokokové infekce, sepse, antibiotika, klostridiová kolitida
prof. Machala: HIV/AIDS, antivirotika
doc. Džupová: hnisavá meningitida, život-ohrožující infekční choroby
as. Polívková: klostridiová kolitida, nozokomiální infekce
Doc. Džupová a prof. Beneš jsou členy výboru Společnosti infekčního lékařství ČLS JEP (webové stránky: www.infekce.cz).