Referát interního auditu zabezpečuje činnost fakulty zejména tím, že:
1.zajišťuje nezávislé a objektivní přezkoumávání a vyhodnocování řídících a kontrolních mechanizmů fakulty v oblasti hospodaření a vnitřní správy,
2.kontroluje dodržování obecně závazných a vnitřních předpisů UK a 3. LF UK a interních předpisů 3.LF UK v oblasti hospodaření a vnitřní správy,
3.prověřuje zajištění ochrany majetku Univerzity Karlovy v Praze ve správě 3.LF UK.
4.je koordinátorem při vnějších kontrolách uskutečňovaných na fakultě prostřednictvím děkanátu